Die sagenumwobenen Geheimnisse des Rosenkreuzer Ordens sind unter anderem verschiedene magische Disziplinen, welche vom Profanen weder richtig gedeutet werden können noch wird ein Mensch mit niederen Zielen die notwendigen Erfolge in diesen Künsten erreichen. So schützt sich die Geheimlehre seit jeher selbst, denn jene welche die Magie für selbstsüchtige Zwecke gebrauchen wollen verirren sich und fügen sich meist erheblichen Schaden zu.
Zu den okkulten Wissenschaften in denen die Eingeweihten ihr Mysterienwissen üben und überliefern zählen unter anderem die Alchemie, die Astrologie, die Gnosis, die Kabbalah, die Meditation, rituelle Magie und der Tarot. Alle diese Bereiche enthalten Teilbereiche der gesamten heiligen Lehre und können nur gänzlich verstanden und erfahren werden wenn man sie geschickt miteinander verknüpft und in Beziehung setzt. So haben kabbalistische Sphären im Lebensbaum sowohl Beziehungen zu alchemistischen Metallen, astrologischen Planetenenergien und speziellen Engelskräften. Ein Studium einer einzigen magischen Disziplin ist hierbei also mangelhaft und führt nicht zur vollen Erkenntnis.
Der Rosenkreuzer Orden unterrichtet den Schüler in diesen Geheimwissenschaften in einer weit unterschiedlichen Art und Weise, die sich gänzlich von der Darstellung der Themenbereiche in der modernen New-Age Bewegung absondert. Bei der Alchemie beispielsweise wird weder physisches Gold oder Silber erzeugt wie allgemein vermutet. Wahre Alchemie zielt auf die innere Transmutation des Geistes ab und der Schüler transformiert im Großen Werk der Alchemie innere Bereiche in einem inneren Laboratorium. Die symbolhafte Sprache der Alchemie sorgt hierbei dafür, dass sich der ethisch unreife Anwärter in der Gier nach unerschöpflichen materiellen Reichtümern verliert. Dadurch bekommt er die Früchte als auch die Essenz der eigentlichen königlichen Kunst nicht zu Gesicht. Ein habgieriger Mensch verliert das Interesse an der wahren Alchemie sobald er erkennt, dass er nicht jedes Metall in echtes materielles Gold verwandeln kann um seiner Armut zu entkommen.
Auch der Tarot wird heutzutage als ein Orakelsystem zweckentfremdet. Die eigentlichen Schlüssel dieses magischen Werkzeugs sind trotz der Popularität dieser Kartendecks den wenigsten Personen bekannt. Viele begnügen sich damit von Scharlatanen, gegen Geld den Schein einer glücklichen Zukunft zu erwerben. Die Rosenkreuzer stattdessen, kleiden in einigen Tarotdecks einen wahren Schatz an Schlüsselsymbolikm, welche bei authentischem und geschultem Wissen über den Gebrauch, Bewusstseinsregionen öffnen können zu denen kein Mensch ohne diese Schlüssel zugriff fände.
Sowie die Astrologie ist in Wirklichkeit ein archetypisches Symbolsystem ist, statt eine Methode die Zukunft vorauszusagen. Das wahre sakrale Wissen der Astrologie ermöglicht es vielmehr die Kräfte und Abläufe zu erkennen, die hinter der sichtbaren Welt wirksam sind. Es ist also wie bei der Alchemie auch eine größtenteils „innerliche“ Angelegenheit.
Viele Werkzeuge der Mysterienschulen wurden absichtlich in die Massen gestreut um von ihrem eigentlichen heiligen Zwecken abzulenken und durch den falschen Umgang die verborgene Seele und das wahre Mysterienwissen dieser Instrumente ungeschändet zu erhalten. Die wahren Schätze der Mysterientradition werden in einem wohl gehüteten Einweihungssystem gelehrt, in dem der Strebende zuvor viele Prüfungen bezüglich seiner Ethik und Strebsamkeit zu meistern hat, bevor ihm Stufe um Stufe immer weitere und tiefergehende Aspekte der Offenbahrungslehren vermittelt werden. Hierbei spielt die Anwendung und die Kenntnis von ritueller Magie eine grundlegende Rolle. Die Kernkompetenz des Geheimbundes ist die Ritualistik, welche auf dem initatorischen Pfad dazu gebraucht wird, den Eingeweihten in eine rituell herbeigeführte Energievibration einzubinden, welche das Vehikel des Mysterienschülers verändert und in ihm sogar neue subtile Körper erschaffen kann. Auch die berühmte Unsterblichkeit mit der die hochlöbliche Bruderschaft in Verbindung gebracht wird, steht mit diesen magischen Praktiken in Verbindung.